Zákazník, alebo tretia strana má právo odvolať sa proti postupom SKQS, alebo sťažovať sa na zákazníkov certifikovaných SKQS a to písomne alebo osobne na vedení SKQS. SKQS má stanovené postupy na ich riešenie. Do 7 kalendárnych dní od prijatia odvolania alebo sťažnosti je odosielateľ a príslušný zákazník písomne informovaný o ich prijatí. Do 20 kalendárnych dní je odosielateľ, resp. príslušný zákazník písomne informovaný o oprávnenosti odvolania alebo sťažnosti. Do 30 kalendárnych dní od prijatia odvolania alebo sťažnosti, alebo podľa dohody je odosielateľ a príslušný zákazník písomne informovaný o výsledku riešenia odvolania alebo sťažnosti. Proti rozhodnutiu vedenia SKQS môže sťažovateľ využiť ďalšie zákonné postupy.
Poplatky za proces certifikácie sú závislé od viacerých faktorov, napr. požadovaného rozsahu certifikácie, typu referenčnej normy, počtu pracovníkov, počtu prevádzok, druhu výroby a poskytovania služieb a ďalších faktorov. Výsledná cena je predmetom zmluvy uzatvorenej pred začatím procesu certifikácie.