Vedenie SKQS sa zaväzuje k nestrannosti pri činnostiach súvisiacich s certifikáciou systémov manažérstva. Uvedená správna štruktúra bola zvolená na zabezpečenie nestrannosti a nezávislosti SKQS.
SKQS so zreteľom na zachovanie úplnej nestrannosti nevykonáva poradenské činnosti.
SKQS v súlade so Stanovami a Pravidlami SKQS hospodári výlučne na základe príjmu z činností spojených s auditmi a súvisiacich činností, napr. posúdenie dokumentácie, organizačný rozhovor. Zrieka sa akejkoľvek finančnej účasti zo strany členov správnej rady certifikačného orgánu. Nemá žiadny komerčný ani iný vzťah, ktorý by porušoval jej nezávislosť a má stanovené postupy na vyriešenie prípadov výskytu konfliktu záujmov.